El comisionado logró la creación de una Junta Superior de Gobierno que, aunque teóricamente subordinada al Consejo de Regencia y presidida por Ruiz de Castilla, era en realidad una reencarnación de la Junta anterior, sólo que ya sin la ingenuidad política que había caracterizado a los revolucionarios de 1809.
La Junta formó un ejército que salió a combatir a los realistas. Carlos Montúfar se dirigió al sur, derrotó a Arredondo en Alausí y estuvo a punto de tomarse Cuenca. Su tío, Pedro Montúfar, avanzó hacia el norte y llegó en triunfo hasta Popayán. Otro pequeño contingente, al mando del inglés William B. Stevenson, logró controlar Esmeraldas.
Mientras tanto, el movimiento se fue radicalizando hacia dos ideas que hoy nos parecen obvias, pero que en aquellos días despertaban desconfianza y temor: la independencia de España y la adopción de un sistema republicano de gobierno. Como signos de esa radicalización podemos citar la adopción de una bandera roja con aspa (cruz en forma de "X") blanca, la creciente participación popular, la renuncia de Ruiz de Castilla a la presidencia de la Junta (octubre 11, 1811), cargo que asumió el obispo Cuero y Caicedo y, sobre todo, la convocatoria de un congreso constituyente que declaró la independencia de España (diciembre 11, 1811) y promulgó la primer constitución "ecuatoriana" los "Artículos del Pacto Solemne de Sociedad y Unión entre Provincias que forman el Estado de Quito" (febrero 15, 1812).
La radicalización de los patriotas significó también su división en dos grupos antagónicos: los montufaristas o moderados, que aceptaban la independencia de España pero seguían siendo monárquicos y fieles a Fernando VII, y los sanchistas (pues su líder era Jacinto Sánchez de Orellana, marqués de Villa Orellana) o radicales, que exigían la total independencia de España y de sus reyes y propugnaban un sistema republicano de gobierno.
La oposición entre sanchistas y montufaristas impidió la continuación de los éxitos militares de los patriotas y señaló el comienzo del fin de su causa. Además, el avance de las fuerzas realistas desde el sur, bajo el comando del mariscal del campo Toribio Montes, resultó incontenible, pese a los esfuerzos de los insurgentes. Hubo numerosos combates que favorecieron a uno u otro bando, pero finalmente Montes entró a Quito (noviembre 8, 1812),
La ciudad estaba desierta. El obispo presidente, los nobles, el pueblo, lo que quedaba del ejército, habían huido hacia Imbabura. Allá los alcanzó el coronel Juan Sámano, subordinado de Montes, quien finalmente deshizo lo que quedaba de las fuerzas patriotas, incluyendo su ejército del norte, que también había ido retrocediendo desde el sur de la actual Colombia hasta Ibarra. Unos pocos de los líderes patriotas lograron escapar, pero la mayoría fueron apresados y varios de ellos murieron fusilados. Era el fin de la Revolución Quiteña.
Resumen:
el virrey de Perú desconoció a la Segunda Junta de Gobierno aún cuando se encontraba avalada por el Comisionado Regio.
